Koreoiden yhdistymisneuvottelut eivät kuitenkaan päässeet alkua pidemmälle, ennen kuin Kim Il-sung kuoli sydänkohtaukseen 8. heinäkuuta 1994. On huhuttu, että ennen kuolemaansa Kim Il-sung olisi riidellyt rajusti poikansa kanssa maan talouden kehnosta tilasta. Osa ”suuren johtajan” lääkäreistä kuoli salaperäisessä helikopterionnettomuudessa.[36] Valtiolliset hautajaiset pidettiin 18. heinäkuuta, ja maahan julistettiin kolme vuotta kestävä suruaika. Tätä nykyä Kim Il-sungin maalliset jäännökset lepäävät Kumsusanin mausoleumissa Pjongjangissa. Kuolemaan liitettiin Pohjois-Koreassa legendanomaisia kertomuksia: eräässä kaupungissa mehiläiset olivat kerääntyneet ”suuren johtajan” patsaan ympärille suremaan, toisen tapauksen mukaan kolme vuotta Kim Il-sungin kuoleman jälkeen hänen patsaansa yläpuolelle oli kehittynyt ”kaksinkertainen sateenkaari, minkä jälkeen patsaan yläpuolella oli pitkään tuikkinut kirkas tähti”. Nykyäänkin Kim Il-sungia kutsutaan arvonimillä ”suuri johtaja” ja ”ikuinen presidentti”.